Im Rahmen der Vorbereitungen für die Serie „Life Science Career Paths“ stieß die ÖGMBT auf ein Berufsfeld, das heiß begehrt ist. Was die Bio Data Science macht, wo man das lernen kann und was sie von der Bioinformatik unterscheidet.

Als Anfang des neuen Jahrtausends erstmals ein vollständiges menschliches Genom sequenziert wurde, hatte das sogenannte „Shotgun Sequencing“ einen entscheidenden Anteil daran. Dabei werden lange DNA-Ketten zufällig fragmentiert, die Fragmente sequenziert und anschließend versucht, die Puzzlestücke zu einem großen Ganzen zusammenzuführen. Die dafür erforderlichen Algorithmen stellte eine Fachrichtung namens Bioinformatik zur Verfügung, die damals zum ersten Mal ins Licht der Öffentlichkeit trat.
Heute ist die Bioinformatik längst eine selbstständige Teildisziplin der Biologie, und ihre Anwendungen beschränken sich keineswegs auf die Vervollständigung von Genomen. In der Erforschung von Proteinen, RNA oder Stoffwechselprodukten – oder allgemeiner: in der Systembiologie – treten ebenso große Datenmengen auf, die nach spezieller, eigens dafür geschaffener Software rufen. „Wissenschaftler, die in diesem Bereich arbeiten, sind größtenteils mit Methodenentwicklung beschäftigt, für die man ein tiefes Verständnis der biologischen Zusammenhänge benötigt“, sagt Thomas Rattei, Professor für Computational Biology an der Universität Wien und Vorstandsmitglied der ÖGMBT.
Neben der Bioinformatik ist in den vergangenen Jahren aber auch ein Aufgabenfeld entstanden, für das der Ausdruck Bio Data Science gebräuchlich wurde und das sich mit der Analyse von Daten biowissenschaftlichen Ursprungs beschäftigt. Im Grunde stammt diese Fachrichtung von der Statistik erhobener Messwerte ab, die in quantitativ arbeitenden Wissenschaften seit langem zur methodischen Basisausstattung gehört. Doch mit der Menge der Daten, die erzeugt, und neu verfügbaren Computer-unterstützten Methoden hat sich das Repertoire an Werkzeugen stark verbreitert und die neue Bezeichnung „Data Science“ nahegelegt. „Vieles davon ist klassische Statistik, etwa die Verwendung multivariater Ansätze. Dazu kommt der Einsatz von Modellen, z. B. aus dem Bereich Machine Learning“, sagt dazu Michael Wildauer, der ein Team von Data Scientists am Wiener Standort des Pharmaunternehmens Takeda leitet, dessen Aufgaben er vor kurzem im Rahmen der „Career Path“-Serie der ÖGMBT vorstellte.

Statistik mit dem gewissen Etwas
Wo man im Speziellen von Bio Data Science spricht, kommen Methoden verschiedenen Ursprungs zusammen, wie Rattei erklärt: „Ansätze aus dem Bereich des maschinellen Lernens können auf die verschiedensten Fragestellungen angewendet werden. Dem stehen Methoden wie die Genomanalyse gegenüber, die in der Bioinformatik entwickelt wurden und nun routinemäßig von Bio Data Scientists angewendet werden.“
Nicht nur die Biowissenschaft, auch die Biotechnologie ist eine gute Quelle für jenes Datenmaterial, das von Data Scientists bearbeitet wird. Die beim ÖGMBT-Firmenmitglied Takeda tätige Experten analysieren etwa Daten, die aus dem ERP-System des Unternehmens stammen, oder solche, die das Qualitätsmanagement zur Verfügung stellt. Ergänzt wird dies durch beobachtete Auffälligkeiten, etwa Gebrechen der Anlage oder Fehler eines Operators. Zwei Arten von Fragestellungen können anhand der Daten aus diesen Quellen bearbeitet werden: „Zum einen machen wir explorative Analysen, bei denen unsere Produktionsprozesse ohne auschlaggebenden Grund auf Verbesserungspotenzial unter-sucht werden. Wenn andererseits Abweichungen von den vorgegebenen Kriterien auftreten, geht es darum, herauszufinden, was passiert ist und wie man korrigierend eingreifen könnte.“
Wildauer ist selbst Molekularbiologe und hat sich erst im Zuge seiner beruflichen Tätigkeit der Datenanalyse zugewandt. Die beiden Data Scientists, die in Wildauers Team arbeiten, bringen hingegen keinen Hintergrund aus den Life Sciences mit, sondern kommen aus technischen Fächern, in denen sie sich intensiv mit statistischen Methoden beschäftigt haben. „Natürlich ist es von Vorteil, wenn man ein Grundverständnis mitbringt und weiß, was ein pHWert und was Chromatographie ist. Die Methoden, die wir anwenden, verlangen das aber nicht.“ Es gebe sogar Fälle, in denen die allzu große Vertrautheit mit dem Produktionsprozess eher hinderlich sei: „Ein routinierter Operator kann weniger unvoreingenommen an die Fehleranalyse herangehen“, sagt Wildauer.
Zur weiteren Verstärkung seines Teams sucht der „Head of Digital & Data Science“ Menschen, die einen soliden Hintergrund in statistischer Datenanalyse haben: „In den vergangenen Jahren sind mehrere Studiengänge auf diesem Gebiet entstanden. Wichtig ist aber nicht, dass die Studienrichtung ‚Data Science‘ im Namen hat, sondern, dass die Absolventen gute Programmierkenntnisse in den für die Data Science essenziellen Sprachen Python und R erhalten“, so Wildauer.

Wo die Disziplinen einander berühren
Thomas Rattei war an der Konzeption des Studiengangs „Bio Data Science“ am Tullner Standort der FH Wiener Neustadt – selbst institutionelles Mitglied der ÖGMBT – beteiligt, der genau diese Kompetenzen vermitteln will. „Das Besondere an unserem Studiengang ist, dass die nötigen Programmierkenntnisse von Grund auf im Studium erlernt werden“, sagt dazu Studiengangsleiterein Milica Krunic. Die Teilnehmer lernen, Daten selbstständig zu analysieren und zu interpretieren und erhalten fundierte Kenntnisse der statistischen Werkzeuge, die man dafür benutzt. „Ich habe einige Studierende kennengelernt, die in unserer Gruppe ihre Master-Arbeiten gemacht haben. Die kamen aus der Biochemie oder der Medizin und wollten sich auf dem Gebiet der Datenanalyse vertiefen“, erzählt Rattei.
An den vordersten Fronten der wissenschaftlichen Entwicklung verschwimmen die scharfen Grenzen zwischen den Disziplinen mitunter. Eines der schwierigsten Probleme der Bioinformation ist heute die Vorhersage der dreidimensionalen Struktur von Proteinen, wenn ihre Aminosäuresequenz gegeben ist. „Mechanistisch sind wir noch nicht in der Lage, zu sagen, wie die Kette sich falten wird“, sagt Rattei. In internationalen Projekten wie „AlphaFold“ versucht man daher erfolgreich, dem Pro-blem mit „Deep Learning“-Verfahren zu begegnen. „Für Forschungsaufgaben wie dieser nimmt sich die Bioinformatik heute auch Anleihen bei dem, was aus der Data Science kommt“, so Rattei.

Published in ChemieReport 01/2022

The FEMS Get involved bulletin is out! Read the February issue with microbiology research, events and calls.

The FEMS Get involved bulletin is out! Read the January issue with microbiology research, events and calls.

As member of the ÖGMBT you are automatically also member of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS). The FEBS e-newsletter of January 2022 focuses on:

1. FEBS grants and travel awards
2. FEBS Excellence Awards
3. FEBS Fellowships
4. FEBS YTF grants
5. FEBS bursaries
 

We developed a training on teaching in the lab, in which we will provide teachers with tips and tricks that will help them inspire student learning in the lab.

Laboratory course teaching fundamentals

Teaching seems easy……..

………until the moment you need to teach!

Teaching is a true profession, but everyone can learn how to teach.

Do you need to teach because of your Ph.D. study, or are you a teacher by profession? Do you want to learn the basic teaching skills for teaching in the lab? Or do you like to understand how current didactical and technical skills work for modern lab education?

We share our best expertise in teaching lab education based on multiple years of experience and scientific educational research.

In this course we will discuss what happens in the laboratory, what behaviour students exhibit, and how to explain this behaviour. Then, knowing what is causing students behaviour, you can apply methods and techniques to motivate them.

Many teachers and teaching assistants slightly dread teaching laboratory courses. These courses can be very intense since many things happen simultaneously in a laboratory with students. It can be difficult for a teacher to decide what to do in a specific situation. In this short and interactive course, we will look at the laboratory practical from an educational perspective. What is happening in the minds of students in the lab? How can we as teachers increase the chance that students genuinely learn something relevant from their laboratory courses?

Based on our experience and expertise, we developed a two-day training.

https://www.labbuddy.net/what-do-we-offer/training-lab-teaching/

Von Vorträgen zu persönlichen Karriere-Pfaden, Workshops zu Recruiting-Themen, einem Katalog von Berufs-profilen bis zur  Karriere-Entwicklung der ehemaligen Gewinner der „ÖGMBT Life Science Awards Austria“ – die ÖGMBT gibt Orientierung in Berufsfragen. Online-Events zeigen „Career Paths in Life Sciences“. Und Recruiter geben Tipps für den Bewerbungsprozess.

Es ist mittlerweile Tradition, dass die Young Life Scientists Austria (YLSA) bei den Jahrestagungen der ÖGMBT jeweils einen Tag mit Karrierethemen bespielen. Bedingt durch die COVID-19-Pandemie musste die heurige Jahrestagung erneut online abgehalten werden. Das galt auch für die Karriere-Events, von denen die YLSA 2021 nicht weniger als sieben organisierte. Bei jedem davon sprach eine Persönlichkeit über ihren „Life Science Career Path“. Anschließend hielt ein HumanResources-Spezialist eines Unternehmens oder einer sonstigen Institution einen Workshop zu einem Recruiting-Thema. Unter den vorgestellten Berufsprofilen wa-ren Product Manager sowie Clinical Trials Manager, aber auch Tätigkeiten im Bereich Regulatory Affairs/Chemistry, Manufactu-ring, and Controls (CMC).
Die Workshops boten Informationen zu Themen wie „Online Job Interviews“, „What recruiters want to see in a job application“ und „How your soft skills will get you the right job“ etc. Mitschnitte sind am ÖGMBT-Youtube-Kanal abrufbar. Die Ad-resse lautet: https://kurzelinks.de/n2oa

Berufsprofile online
Des weiteren arbeitet die ÖGMBT an einem Katalog von Berufsbildern. Er soll das „Bouquet“ der Karrieremöglichkeiten abbilden, die sich mit einem abgeschlosse-nen Studium im Bereich der Life Sciences bieten. Auf der ÖGMBT-Homepage ist bereits derzeit eine Reihe von Berufsprofilen abrufbar. Beschrieben werden darin die Hauptaufgaben, die nötige Ausbildung, die gewünschte Berufserfahrung sowie die unerlässlichen „Soft Skills“ für die jeweilige Stelle. Andrea Bauer, die interimistische Geschäftsführerin der ÖGMBT, erläutert: „Es gibt etliche unterschiedliche Studiengänge im Bereich Life Sciences. Das ist si-cher begrüßenswert. Aber bisweilen ist es für die Studierenden schwierig, die für sie richtige Auswahl zu treffen: Für welches Fach sollen sie sich entscheiden? Empfiehlt sich für den gewünschten Berufsweg eine Bachelor- oder eine Master-Ausbildung? Wie sinnvoll ist ein Auslandssemester? Und oft stellt sich nach der Master-Ausbil-dung die Frage, ob es besser ist, sofort den Einstieg in die Karriere zu versuchen oder ein Doktoratsstudium zu absolvieren.“ Bauer war selbst einige Jahre im Bereich der Berufsberatung für Akademiker tätig und ist daher mit solchen Orientierungsproblemen vertraut. Mit ihrem Karriereprogramm setzt die ÖGMBT ge-nau hier an: „Unser Angebot soll als Orientierungshilfe bereits im Studium zur Verfügung stehen und die Vielzahl der möglichen Berufslaufbahnen mit einem Life-Sciences-Studium abbilden.“ Zrinka Didara, selbst ehemalige YLSA-Aktivistin und Phd-Studentin, ist mittlerweile für die Karriere-Events in der ÖGMBT-Geschäftsstelle zuständig: „Eine Schlüsselfrage im Studium ist immer: ‚To PhD or not to PhD – Academia or Industry?‘ Viele Kollegen wissen gar nicht, welche weiteren Möglichkeiten es außerhalb der wissenschaftlichen Laufbahn gibt. Im Studium lernt man auch nicht, wie man sich richtig bewirbt, wie man sich auf ein Vorstellungsgespräch vorbereitet, wie man Gehaltsverhandlungen führt. Viele sind der Ansicht, studiert zu haben, müsse für den Beruf ausreichen. Vor allem die Bedeutung von Soft Skills wird oft nicht ausreichend beachtet. All das wollen wir mit dem Karriereprogramm praktisch thema-tisieren.“

„Life Science Awards“  beflügeln Karrieren
Der Förderung von Karrieren dienen auch die Life Science Awards Austria, die die ÖGMBT seit über zehn Jahren vergibt. Nun war es an der Zeit, Revue passieren zu lassen, welchen Nutzen die Gewinner aus ihren Erfolgen bei dem Wettbewerb ziehen konnten. Gezeigt wird dies in dem Online-Flipbook „ÖGMBT Life Science Awards Austria – Success Stories 2010–2020“, das passend zum Karriereschwerpunkt kürzlich erschien. Unterstützt wurde dieses Projekt vom Bundesministerium für Digitalisierung und Wirtschaftsstandort (BMDW), das die Research Awards seit 2017 fördert. Die Umsetzung erfolgte unter Federführung der ÖGMBT-Geschäftsstelle mit der Agentur Biolution als Projektpartner. Alle bisherigen 50 Gewinner wurden kontaktiert und gebeten, einen Fragebogen zu beantworten sowie ein aktuelles Foto von sich zu senden. Die Antworten wurden gesichtet und die Geschichten in einem digitalen Flipbook ( https:// oegmbt.at/awards/success-stories) darge-stellt. Wenn man sich die Erfolgsgeschich-ten durchliest, so ist bemerkenswert, dass das Interesse zu Life Sciences bereits in der Schule erwachte: Gute Lehrer waren die Inspiratoren.

Eine kurze statistische Auswertung am Ende des Flipbooks zeigt:
 Der ÖGMBT-Award hatte für 75 Prozent der Gewinner einen positiven Effekt auf ihre Karriere.
 Über 50 Prozent erhielten nach dem Ge-winn überdies nationale bzw. interna-tionale Fördergelder.
 Etwa 80 Prozent berichten, dass die Auszeichnung ihre Sichtbarkeit (visibi-lity) steigerte und sie ihr Netzwerk erweitern konnten.

Von den Gewinnern sind derzeit 66 Prozent im akademischen Bereich und 26 Prozent in der Wirtschaft tätig. Rund vier Prozent arbeiten bei Institutionen außerhalb dieser Sektoren, die übrigen vier Prozent machten keine Angaben. Viele der Gewinner erklärten sich bereit, ihre Erfahrungen in der Serie „Career Paths“ zu teilen. Sie wollen damit beispielgebend und inspirierend für die nächste Generation fungieren.
Lukas Huber, Präsident der ÖGMBT, resümiert: „Eine der primären Aufgaben der ÖGMBT ist die Nachwuchsförderung. Das Flipbook mit den Success Stories ist ein Beleg dafür, dass die ÖGMBT mit ihren Initiativen junge Talente fördert und inspiriert. Die oben dargestellten Projekte, die von der YLSA gemeinsam mit unserer Geschäftsstelle realisiert wurden, sind ein weiteres, großartiges An-gebot für unseren Nachwuchs. In diesem Sinne möchte ich alle Studierenden und Jungwissenschaftler aufrufen, ÖGMBT-Mitglied zu werden und von diesen Vorteilen zu profitieren.“

Planung für 2022
Die YLSA führt ihre Online-Karriere-Events auch im Jahr 2022 fort. Jeder dritte Donnerstag im Monat ist „Karriere-Nachmittag“. Informationen zum Programm sind auf https://oegmbt.at/ueber-uns/ oegmbt-ylsa#upcoming-events verfügbar. Bereits 2020 wurde eine „Life Science Career Fair“ abgehalten, pandemiebedingt eingeschränkt und online. Für 2022 ist anlässlich der Jahrestagung in Wien eine Live-Auflage der Veranstaltung geplant, flankiert von Vorträgen und Workshops zu Karrierethemen.

Published in ChemieReport 08/2021